动物园站是台北捷运文湖线的首个站点，为BRT第1站。
动物园站是台北捷运文湖线的BRT第1站，下一站为木栅站。
2012年1月11日，台北捷运文湖线剑南站发生信号设备讯号异常，台北捷运公司采局部营运因应，整个状况在10时48分排除，并无人员受困。
台北捷运公司采局部营运因应，包括南港展览馆站至文德站及中山中学站至动物园站，文德站至中山中学站则启动公车接驳，整个状况在10时48分排除，并无乘客受困。
高架交会车站，二个出入口。
台北捷运环状线南环段：地下二层车站，一个岛式站台。新北捷运深坑线：高架车站，月台型式未定。台北捷运猫空缆车：延伸段在远期计划中，动物园端将向北延伸，跨越景美溪并于福德坑环保复育公园设立一座车站；猫空端将向西延伸至樟山寺及恒光桥，并各设立一座车站。
捷运车站楼层
| 地上四楼 | 连通层 | 站台连络天桥 |
| 地上三楼 | 大厅层 | 车站大厅、问询处、自动售票机、验票闸门 |
| 侧式站台，右侧开门 | ||
| 一站台 | ← 文湖线 往南港展览馆方向（BR02 木栅站） | |
| 二站台 | 文湖线 旅客下车站台（不开放上车）→ | |
| 侧式站台，右侧开门 | ||
| 地上二楼 | 中间层 | 卫生间（付费区外）、楼梯、滚梯转接平台 |
| 地面 | 穿堂层 | 出入口、问询处、自动售票机、验票闸门卫生间（付费区内外均有） |
| 地上四楼 | 回转式月台 | ||
| ← | 猫空缆车 旅客下车站台（不开放上车） | ||
| ↓ | 高架吊索路轨 | ||
| → | 猫空缆车 往猫空方向（动物园南站） | ||
| 回转式月台 | |||
| 地上三楼 | 厕所 | ||
| 地上二楼 | 自动售票区 | ||
| 地上一楼 | 出入口、餐饮区、贩卖部 | ||
捷运车站出口
出口2设有台北市公共自行车租赁系统捷运动物园站2号出口租赁站
| 1 | 台北市立动物园 |
| 2 | 猫空缆车 |