黄土店站，位于中国北京市昌平区，是中国铁路北京局集团有限公司通州车务段管辖的车站，建于1966年。是市郊铁路S2线和原市郊铁路S5线（怀柔－密云）的起始站。
自2020年9月30日起，S5线（怀柔—密云线）的起始站改为北京北站。
2016年11月起，市郊铁路S2线起始站从北京北站搬到黄土店临时客站，北京北站其他列车调整至昌平北站发车。
黄土店站离北京站34公里，离包头站798公里，
客运：办理旅客乘降，不办理行李、包裹托运。
货运：办理整车、零担货物发到。
北京市郊铁路S2线 北京市郊铁路S5线
北京地铁里距离本站最近的地铁站是北京地铁8号线、北京地铁13号线霍营站，该站距离黄土店站最近的出入口是G3、G4出入口。
注：13号线霍营站换乘黄土店站，可先由A口出站，出站后右转即可看到G3出入口，由该口进入地下通道再经由G4口出（通道属于非付费区，故不需要重新刷卡收费），可以更快到达黄土店站乘车。
2016年11月1日零时起，为配合京张高速铁路北京北至清河段引入北京铁路枢纽工程施工，北京市郊铁路S2线市内始发（终到）站由北京北站变更为黄土店站。
2017年12月31日，北京市郊铁路S5线（黄土店站至怀柔北站区间）正式开通运营 。
2019年4月30日，北京市郊铁路S5线（黄土店站至古北口站区间）全线开通运营 。
2019年12月30日，北京市郊铁路S5线的始发终到站从黄土店站移至清河站。
黄土店站位于北京市昌平区回龙观镇黄土店村西三旗街道，靠近地铁霍营站，可换乘地铁8号，13号线。
黄土店站